医療費控除はいくら戻る？やり方と計算方法をわかりやすく解説【2026年】

医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えたときに、その分だけ所得税・住民税が軽くなる制度です。ただ「いくら戻るのか」がわかりにくく、「10万円を超えないと使えない」「払った医療費がそのまま返ってくる」といった誤解も多いところです。

この記事では、医療費控除の計算式と実際にいくら戻るのかを、年収別の目安つきで整理します。あわせて対象になるもの・ならないもの、交通費や市販薬の扱い、確定申告・スマホ（マイナポータル）でのやり方までまとめます。

医療費控除とは（10万円の「足切り」と対象者）

医療費控除は、本人と生計を一にする家族が1年間（1/1〜12/31）に支払った医療費の合計が、原則10万円を超えた場合に、超えた部分を所得から差し引ける制度です。国税庁の要件は「納税者が、自分または生計を一にする配偶者・親族のために支払った医療費」なので、家族の医療費を誰が払ったかが基準になります。共働き世帯では、その医療費を所得が高い人にまとめて申告したほうが有利になることが多いです。

ここで重要なのが、10万円は「足切り（足切額）」だという点です。支払った医療費すべてが控除されるわけではなく、10万円を超えた部分だけが対象になります。

その年の総所得金額等が200万円未満の人は、「10万円」ではなく「総所得金額等の5%」が足切額になります。パートや扶養内で働く人などは、10万円未満でも控除を受けられる場合があります。

いくら戻る？計算式と還付金の仕組み

「いくら戻るか」は2段階で計算します。まず控除額を出し、それに所得税率をかけたものが、戻ってくる所得税（還付金）の目安です。

① 控除額（最高200万円）

控除額 ＝（支払った医療費 − 保険金などで補填された金額）− 10万円

「保険金などで補填された金額」とは、生命保険の入院給付金や、高額療養費・家族療養費・出産育児一時金などです。これらは差し引く必要があります。なお、差し引くのはその給付の目的になった医療費の範囲内だけです。たとえば入院給付金が入院費を上回っても、余った分を他の医療費から引く必要はありません。

② 戻ってくる所得税（還付金の目安）

還付される所得税 ＝ 控除額 × あなたの所得税率（5%〜45%）

ここがいちばん誤解されるポイントです。控除額がそのまま戻るのではなく、控除額に「所得税率」をかけた分しか戻りません。所得税率は課税所得によって変わるため、同じ控除額でも所得が高い人ほど戻りが大きくなります。

③ 住民税も翌年度に安くなる

所得税の還付に加えて、**翌年度の住民税が「控除額 × 10%」**ほど安くなります。つまり実際の節税効果は「所得税の還付 ＋ 住民税の減額」の合計です。

例：年間の医療費が25万円、保険金の補填なし、所得税率10%の人の場合。控除額は 25万 − 10万 ＝ 15万円。所得税の還付は 15万 × 10% ＝ 15,000円、翌年度の住民税の減額が 15万 × 10% ＝ 15,000円。あわせて約3万円が軽くなる計算です。

実際には、所得税には**復興特別所得税（2.1%）**が上乗せされているため、戻る額は「控除額 × 所得税率 × 1.021」とやや大きくなります（以下の年収別の試算はこの1.021を含めています）。

自分の所得税率（課税所得の帯）がわからないときは、まず手取りと課税のベースを把握しておくと見当がつきます。年収から税金・社会保険料を引いた金額は手取り計算ツールで、給与から引かれる社会保険料は社会保険料計算ツールで確認できます。

年収別・医療費別の早見表（目安）

所得税率は、年収そのものではなく課税所得（年収から給与所得控除・基礎控除・社会保険料控除などを引いたあとの金額）で決まります。独身・給与収入のみ・社会保険料控除だけの人の場合、当サイトの令和8年分の計算では次のあたりで税率が切り替わります。扶養家族や各種控除があれば、同じ年収でも低い税率の帯になります。

これをふまえた「所得税の還付金の目安」が下表です（総所得200万円以上＝足切り10万円のケース）。

※これは所得税の還付分のみ（復興特別所得税を含まない簡易計算）。実際は別途、翌年度の住民税が「控除額×10%」ほど安くなります。

年収別の還付額の試算（医療費30万円・補填なしの場合）

同じ医療費でも、年収によって戻る額は大きく変わります。医療費が30万円（保険金などの補填なし）なら、控除額は 30万 − 10万 ＝ 20万円です。当サイトの手取り計算と同じ前提（令和8年分・独身・給与収入のみ・東京都・30歳・社会保険料控除のみ）で、控除額20万円ぶんの所得税・住民税の減り方を計算すると次のとおりです。

所得税の還付は「控除額20万円 × 所得税率 × 1.021」、住民税の減額は「控除額20万円 × 10%」です。年収300万円・400万円・500万円は同じ5%の帯に収まるため、還付額が同じになります。住民税の減額は年収にかかわらず10%で同じなので、年収が低い人ほど、合計に占める住民税の減額の割合が大きくなります。

控除額が大きいと、税率の帯をまたぐことがある

控除額が大きい年は、「控除額 × 所得税率」の単純計算より還付が少なくなることがあります。控除によって課税所得が下の税率の帯に入ると、その部分には低い税率しかかからないためです。

たとえば年収600万円（課税所得約244万円・税率10%）の人が、医療費80万円（補填なし）を支払って控除額が 70万円 になった場合を考えます。

• 課税所得：244.5万円 → 174.5万円（195万円以下なので5%の帯に下がる）
• 所得税（復興特別所得税を除く）：147,000円 → 87,250円。差は59,750円で、復興特別所得税2.1%を加えると約61,000円の還付
• 住民税：70万円 × 10% ＝ 70,000円の減額

「70万円 × 10% ＝ 7万円」ではなく約6.1万円になり、住民税とあわせて約13.1万円が軽くなる計算です。控除額が数十万円を超えそうなときは、税率を単純にかけた金額より少し控えめに見積もっておくと安心です。

※これらは当サイトの概算で、生命保険料控除・扶養控除・ふるさと納税などを含めた実際の税額とは異なります。正確な還付額は、確定申告書等作成コーナーで入力すると自動計算されます。

「10万円ちょっとで意味ない」は本当？

「医療費が10万円を少し超えただけでは、医療費控除は意味がない」とよく言われます。これは半分正しく、半分誤解です。

たとえば医療費が11万円なら、控除額は 11万 − 10万 ＝ 1万円だけ。所得税率5%なら還付は500円、住民税の減額を入れても1,500円ほどです。手間のわりに金額が小さいのは事実です。

一方で、医療費が大きい年や、総所得200万円未満で足切りが5%になる人、所得税率が高い人なら効果はしっかり出ます。「10万円を超えたら一律で得」ではなく、「10万円を超えた分 × 税率」で考えるのがコツです。

対象になるもの・ならないもの一覧

医療費控除の対象は「治療を目的とした支出」が基本です。予防や美容のための支出は対象外になります。

交通費・市販薬の扱い

通院の交通費は、電車やバスなどの公共交通機関なら対象です。電車やバスは領収書が出ないことが多いため、国税庁は、診察券などで通院した日を確認できるようにしたうえで、金額を記録しておくよう案内しています（歯の治療の通院費の説明より）。国税庁は、タクシー代は「電車やバスなどの公共交通機関が利用できない場合」を除いて対象外、自家用車で通院するときのガソリン代や駐車場代も対象外としています。

市販薬は、治療目的なら通常の医療費控除に含められます。さらに、対象のOTC医薬品（スイッチOTC）を年間12,000円超購入した場合に使える「セルフメディケーション税制」という別枠もあります（控除上限88,000円）。ただし通常の医療費控除とは選択制で、両方は使えません。医療費の合計が多い年は通常の医療費控除、市販薬中心の年はセルフメディケーション税制、と有利なほうを選びます。

申告のやり方（確定申告・スマホ・5年さかのぼり）

医療費控除は年末調整では受けられません。会社員でも確定申告（または還付申告）が必要です。

1. 医療費の領収書を集める：1年分を本人・家族分まとめます。
2. 「医療費控除の明細書」を作る：領収書ごとではなく、医療機関別に合計を記入。健康保険組合の「医療費のお知らせ」を使うと入力が省けます。
3. 確定申告書を作成・提出する：国税庁の「確定申告書等作成コーナー」やスマホ（マイナポータル連携）で、源泉徴収票の数字を入力すれば還付額が自動計算されます。
4. 還付を受ける：指定口座に還付金が振り込まれます。

領収書そのものは、令和2年分（2020年分）以降の申告では提出不要（明細書を添付）ですが、国税庁によると、確定申告期限等から5年を経過する日までは、税務署から領収書の提示や提出を求められることがあります（医療費通知を添付した分を除く）。領収書は5年間は保管しておくと安心です。領収書の枚数が多い人は、国税庁の「医療費集計フォーム」（表計算ソフト）に入力して確定申告書等作成コーナーに読み込むと、入力の手間が省けます（セルフメディケーション税制ではこのフォームは使えません）。

申告し忘れても、過去5年分はさかのぼって還付申告ができます。還付申告は、確定申告の期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間提出できます。ただし先ほどの注意のとおり、すでに納めた所得税がない年は、申告しても所得税は戻りません。「去年の医療費を申告していなかった」という場合もあきらめず手続きしましょう。

出典・参考

よくある質問